Paúl Cárdenas: el virus cambia y se adapta, está para quedarse

El investigador y docente Paúl Cárdenas explica, en Hable con el experto, de PRIMICIAS, la clasificación de las variantes del virus SARS-CoV-2 y las mutaciones que le preocupan al mundo.

¿Qué significa secuenciar el genoma del virus y por qué es importante hacerlo para el manejo de la pandemia?

Este virus tiene un genoma, es decir, el código que determina qué hace el virus, a dónde está ligado; esa información está en los genes. 

El ADN en el virus se expresa en letras ACTG, en el caso del SARS-CoV-2 son 30.000 letras. Su genoma es bastante grande.

Entre estas componen códigos y el patrón de estas letras determina cómo se expresan las proteínas en el virus.

Por ejemplo, le sirven para pegarse en las células o para evitar que nuestro sistema inmune reaccione.

Entonces secuenciar es determinar este rompecabezas, en qué orden van estas 30.000 letras que tiene este virus.

Con esas letras podemos saber dónde existen cambios peligrosos, que pueden estar relacionados, por ejemplo, que esquive la inmunidad de las vacunas o con problemas en diagnóstico. 

Cuando se realizan pruebas PCR se usan reactivos que hacen que se peguen a estas secuencias específicas del virus. Si hay mutaciones ahí, entonces ya no se pegan y nos pueden dar falsos negativos.

¿Y eso se está encontrando en las nuevas variantes que han aparecido?

En algunas sí, empezaron a llamar la atención cuando dos de estos genes no se estaban pegando, entonces nos preguntábamos qué estaba pasando.

Eran mutaciones que estaban relacionadas con que ya no funcionaban bien estos cebadores para el diagnóstico. 

Y en el país ya hemos encontrado cambios de algunos protocolos que se usan en ciertos laboratorios privados y públicos, hemos encontrado variantes del virus que ya no se amplificarían porque han mutado. 

¿Se refiere a los reactivos que usan los laboratorios para diagnosticar el virus?

Exactamente, estos reactivos o kits son parte de un protocolo que usan los laboratorios. Y un kit que funcionaba hace un año, no necesariamente funciona ahora. 

Esto se debe revisar, porque varía según el laboratorio y el kit que usa para analizar un tipo específico de gen. 

Hay laboratorios que usan un kit para analizar el gen que codifica para la proteína N, o la proteína E, y dentro de estos genes, algunos usan algunos pedazos, por eso debe ser un análisis de control de calidad, relacionado con las variantes que están circulando.

Si no sabemos qué circula en el país, cómo podemos decir que nuestros kits están funcionando bien o no.

¿Se ha encontrado una variante ecuatoriana?

Sí, y se nombró como variante ecuatoriana. Esto ocurrió en abril del año pasado. Encontramos en Quito cuatro pacientes que tenían una variante con una mutación rara en un gen que evita que el sistema inmune funcione bien. 

Esta variante ecuatoriana tenía una mutación rara y que también encontraron una parecida en Japón. 

En conjunto con este grupo de Japón, hicimos un análisis de esta variante y se encontró que tenía una mutación que hacía que nuestro sistema inmune se defienda mal contra esta variante.

La buena noticia es que después de estos cuatro pacientes, no lo volvimos a encontrar. Eso pasa también con el virus, hay variantes que desaparecen por muchas razones, como que no son tan transmisibles.

¿Qué provoca que se creen nuevas variantes?

La evolución hace que las mutaciones se den al azar. Cuando una persona se infecta del virus y se empieza a replicar, comienza a cometer errores y no son ‘programados’, sino que son al azar. 

Y algunas de estas mutaciones provocan que el virus no funcione bien, y se destruye. Otras mutaciones hace que ‘mejore’ de cierta forma y por eso prevalecen con el tiempo.

Estamos viendo la evolución en tiempo real, lastimosamente, con este virus.

Desde hace un año hemos visto cómo se han desarrollado mutaciones en cualquier parte del mundo.

Estas variantes Brasil, Reino Unido y Sudáfrica tienen una mutación en común, que se llama 501Y.

Si hay más personas susceptibles que reciben el virus, se replica y se pasa a otras, esto es un caldo de cultivo para que se produzcan estas mutaciones.

Por eso algunos artículos de opinión de revistas prestigiosas ven la importancia de las malas medidas que se tomaron, por ejemplo en Brasil. 

La parte política de Brasil quería llegar a una inmunidad de rebaño, permitiendo que se contagien, y se están viendo las consecuencias de esas malas decisiones. 

Reino Unido también ha tomado malas decisiones. Además, la densidad poblacional es alta. 

¿En Ecuador existe el ambiente propicio para que aparezcan nuevas variantes?

Definitivamente, y vemos que las nuevas variantes como la de Reino Unido, que es más contagiosa, ahora es muy común encontrarla en Ecuador.

Hace solo cuatro semanas la encontrábamos en algunas ciudades y entre el 10 al 20% de los casos que analizábamos. Ahora la encontramos en los hospitales en un 80 o 90% de los casos.

En conjunto con la Universidad de Especialidades Espíritu Santo (UEES) y el Inspi vamos subiendo más de 300 genomas completos a estas plataformas de análisis internacionales.

¿Cuánto secuencian otros países como Reino Unido?

Han secuenciado unas 400.000 muestras, es el país que más secuencia en el mundo. El 10% de sus PCR positivos los secuencia. 

Por ejemplo, otros países desarrollados, como Estados Unidos, no llegan al 1%. Nosotros no llegamos al 0.01% y también porque está relacionado con los obstáculos para acceder a muestras. 

Ha sido muy complicado realizar este proyecto por nosotros, como academia. Es decir, contactarse con hospitales, enviarles los tubos y que nos envíen las muestras. La logística ha sido muy complicada. 

¿Por qué el Ministerio de Salud, que debería estar a cargo de esa vigilancia genómica, no facilita esas muestras? ¿Qué sucedió con el convenio firmado en febrero de 2021?

Lastimosamente el cambio de autoridades ha hecho que esta logística no llegue a darse. Eso era lo que solicitábamos, que nos lleguen directamente las muestras. 

Cuando salió el exministro (de Salud, Juan Carlos) Zevallos, nos reunimos con el ministro (Rodolfo) Farfán, empezamos a hacer una ruta para dividirnos por zonas las muestras con la UEES. Pero de ahí salió ese ministro también. 

No hemos tenido buenos contactos con algunos grupos de vigilancia genómica del Inspi, que al parecer es justamente por todos estos cambios.

Nosotros estamos muy dispuestos para coordinar eficientemente el análisis de las muestras. Así que lo hacemos mejor con la UEES. 

¿Cuáles son las características de estas variantes que están en el país?

La clasificación de variantes se la hace como variantes de interés; es decir, que tienen mutaciones que tal vez puedan provocar que el virus se comporte de manera diferente. 

La segunda escala es variantes de preocupación, que son aquellas que ya hay evidencia de que sí producen un efecto mayor, como por ejemplo, evadir el sistema inmune o ser más contagiosas o más mortales.

Y el tercer nivel son las variantes que definitivamente se conoce que están causando mal. Todavía en el mundo no tenemos esta de tercer nivel. 

Pero en Ecuador ya tenemos las de interés y de preocupación. De interés tenemos reportada la de Nueva York, que lo hicieron nuestros colegas de la UEES en varias provincias. 

¿Por qué es de interés?

Porque tiene una mutación que se denomina 484K, la cual está relacionada con escapar del sistema inmune y nos preocupa porque podría estar relacionada con infecciones o con la eficacia de las vacunas.

Una variante de preocupación es la de Reino Unido, porque tiene 17 mutaciones, pero alrededor de nueve son de la proteína S o de espiga, que son el blanco de la vacuna. 

Esta variante es de 2 a 3 veces más contagiosa y 1,5 más mortal. Y otra preocupación de esta mutación es que produce algo que hace que las personas, cuando se infectan, sean contagiosas por muchos días. 

También está relacionada con infecciones en jóvenes. Ahora encontramos esta variante hasta en un 90% en los hospitales en varias provincias. 

Y la variante de Brasil, que tiene también la de Reino Unido N501Y, que la hace más contagiosa.

Pero también tiene la 484K, que es la que le hace escapar al sistema inmune, por eso es muy preocupante esta variante. 

¿Hay un límite para estas mutaciones o será endémica?

Esa pregunta todavía no tiene una respuesta, pero voy a responder desde dos puntos. Desde el punto de vista no objetivo, que es la esperanza de que este virus desaparezca. 

Pero lastimosamente vemos que el virus cambia y se adapta. 

Esta evolución en tiempo real nos hace pensar que está para quedarse, siempre se va a adaptar a los huéspedes. 

Teníamos la esperanza que sucediera como SARS-CoV-1, con MERS, que llega un punto que desaparece y no lo vemos más. Pero los datos no son alentadores como para pensar que eso pase.