Las cinco denuncias de Villavicencio que más revuelo causaron

Fernando Villavicencio y el periodista Christian Zurita denunciaron una trama de sobornos mediante la cual contratistas del Estado realizaban pagos a cambio de obtener contratos. Un dinero que luego era usado para financiar las campañas políticas del correísmo.  La investigación se publicó en 2017 en los portales Milhojas y Periodismo de Investigación, que dirigía Villavicencio. La Fiscalía investigó con el nombre de caso Sobornos 2012-2016 los presuntos aportes irregulares, a través de dinero en efectivo o cruce de facturas, en beneficio del movimiento político, recibidos por altos funcionarios del Gobierno del expresidente Rafael Correa.  En abril del 2020, el Tribunal de la Corte Nacional sentenció a 8 años de pena privativa de libertad a 18 procesados, entre ellos Rafael Correa y el exvicepresidente Jorge Glas.

A inicios de 2017, el periodista hizo parte de la investigación que denunció los sobornos del caso Odebrecht en Ecuador.   Villavicencio lideró, a través de los portales Milhojas y La Fuente, una investigación de cómo se firmó el acuerdo para el retorno de la empresa brasileña Odebrecht a Ecuador, en julio de 2010. Y los términos negociados en el gobierno de Rafael Correa. José Santos, exdirectivo de Odebrecht, reconoció haber entregado USD 10 millones a Carlos Pólit para desvanecer glosas. También demostró la entrega de USD 16 millones al tío de Jorge Glas, a través de Glory International. En octubre de 2019, el Tribunal de Casación de la Corte Nacional de Justicia ratificó la sentencia de seis años de prisión para el ex vicepresidente de la República, Jorge Glas; su tío Ricardo Rivera, y otros cuatro implicados en el caso. 

Como parte de la Comisión de Fiscalización de la Asamblea, Villavicencio entregó en abril del 2022 un informe del esquema de corrupción en la intermediación petrolera en el caso Petrochina. En este esquema de corrupción, las intermediarias habrían cobrado USD 2 por barril de petróleo ecuatoriano intermediado para las empresas chinas, beneficiarias de los contratos de preventa petrolera. El informe concluyó que el Estado ecuatoriano habría sufrido un perjuicio de USD 4.771 millones en la venta de crudo y derivados con Petrochina, Unipec y Petrotailandia, entre 2009 y 2021. Se trata de recursos que habrían ido a parar a empresas intermediarias, como Gunvor, Trafigura y Vitol. El crudo se entregaba a través de preventas a precios inferiores a los del mercado y compañías asiáticas realizaban intermediación para una posterior reventa, según la denuncia. 

Fernando Villavicencio publicó múltiples artículos de investigación en los que denunció el atraco de la repotenciación de la Refinería Esmeraldas o el fraude en el que se convirtió la Refinería del Pacífico. El activista y periodista realizó la que probablemente sea la primera denuncia respecto a los fallos en las condiciones técnicas de la propia central hidroeléctrica Coca Codo Sinclair. Como legislador, en octubre de 2022, también presentó un informe recomendando al gobierno actual no recibir la central por fallas estructurales y más de 17.499 fisuras.

Villavicencio y su colega Cristhian Zurita publicaron el caso INA Papers. Se trata de una investigación que vincula a la familia del expresidente Lenín Moreno con una empresa offshore. La Fiscalía rebautizó el caso como Sinohydro, por los nexos con la firma china. Se trata de una presunta red de corrupción alrededor del proyecto hidroeléctrico Coca Codo Sinclair, que habría operado entre 2009 y 2018 a cambio de grandes cantidades de dinero. Se habrían pagado unos USD 76 millones en coimas -4% del valor contratado por la obra-. Fiscalía vinculó al expresidente Moreno, su esposa e hija. Al momento son 40 los procesados en este caso.