La primera universidad pública del Ecuador se creó en 1786

Las primeras Instituciones de Educación Superior del Ecuador surgieron en la época de la colonia. Las Universidades de San Fulgencio (1586), San Gregorio Magno (1622) y Santo Tomás de Aquino (1686) contaban con estudiantes parte de los mismos conventos religiosos.

Entre las carreras ofertadas en ese tiempo destacaban: Derecho Civil y Canónico, Teología y Filosofía.

Poco a poco las instituciones desaparecieron y en 1786, por orden del Rey Carlos III, se creó la Real Universidad Pública, que admitió estudiantes no religiosos, entre los que destacan Eugenio Espejo y José Mejía Lequerica, representantes de la independencia.

Para el periodo de la Gran Colombia, la Real Universidad Pública pasó a llamarse Universidad Central de Quito. Con el inicio de la época republicana la institución cambió de nombre a Universidad Central del Ecuador.

En 1869 se creó la Escuela Politécnica Nacional, al mismo tiempo se crearon la Escuela de Artes y Oficios, el Conservatorio de Música y también la Escuela de Bellas Artes.

Los ciudadanos de otras provincias tenían dificultad para trasladarse a Quito. Es así que, el guayaquileño Pedro José Carbo creó la Universidad de Guayaquil en 1867. Con la misma finalidad se inauguró en 1867 la Universidad de Cuenca.

En los años 40 la Ley de Educación Superior otorgó a las instituciones superiores autonomía e independencia técnica y administrativa del Estado. Es así que fundaron universidades como la Pontificia Universidad Católica en 1946.

En 1998, luego de un levantamiento popular se redactó la nueva Constitución Política que resultó en la práctica privatizadora de los recursos del Estado. Asimismo marcó el fin de la gratuidad de la educación superior que supuso el cobro de aranceles por servicios educativos.

Esto impidió el acceso  a la educación universitaria de los ciudadanos provenientes de los sectores más pobres de la población, puesto que la universidades se convirtieron, en muchos casos, en negocios particulares con fines de lucro.

En 2002, entra en funcionamiento el Consejo Nacional de Acreditación (Conea) encargado de la evaluación de las universidades y escuelas politécnicas del país. Cabe destacar que la institución fue criticada ya que sus integrantes eran rectores universitarios en funciones. Esto generó dudas sobre la independencia de sus decisiones.

La Ley Orgánica de Educación Superior (LOES) brindaba facilidades para la creación de nuevas Instituciones de Educación Superiores (IES) basadas en influencias políticas.

Entre 1998 y 2000 (menos de tres años) se fundaron 13 universidades privadas y 2 públicas. Hasta 2012 Ecuador contaba con 71 universidades; de estas, 45 fueron fundadas durante los años 1992 y 2006. Un incremento del 273% en 14 años.

Con fin de regular las instituciones educativas, la Conea realizó un proceso de clasificación de universidades: A, B, C, D, E en función a su desempeño educativo. De esta forma, ubicó en categoría E a 26 Universidades y Escuelas Politécnicas por presentar deficiencias académicas en la planta docente y de investigación.

En octubre de 2008, entra en vigencia la nueva Constitución donde la universidad pasó a ser un sistema sin fines de lucro. De esta forma, el Estado tomó control y regulación de los sistemas de Educación Superior.

Adicionalmente, se creó la Secretaría Nacional de Educación Superior, Ciencia, tecnología e Innovación (Senescyt) que ejerce la rectoría de las políticas estatales para la educación superior.

En el 2021, con la elección del presidente Guillermo Lasso, se instituyó la prueba "Transformar" para reemplazar anteriores pruebas de ingreso. La evaluación está enfocada en el razonamiento numérico, lógico, verbal y abstracto.

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